119期开奖直播:Top Hat獲投5500萬美元D輪融資 由Georgian Partners和Inovia Capital領投

來源:SOHU  [  作者:鯨媒體   ]  責編:呂秀玲  |  侵權/違法舉報

049期双色球开奖直播 www.lvelns.com.cn

TopHat是基于Bowtie的將RNA-Seq數據mapping到參考基因組上,從而鑒定可變剪切(exon-exon splice junctions)。 下載Bowtie、TopHat、Cufflinks的二進制發布包,解壓到相同的目錄 下載samtools,make,將生成的可執行samtools程序也cp到同一個目

白色的餐廳擁有一個種滿綠樹的大花園,單是外觀就已非常優雅吸引人。玄關的白墻上懸掛不少獎項,連續5年榮獲“馬來西亞最佳餐廳”,在美食云集的吉隆坡還能有如此評價,可見餐廳功力非同一般。餐廳分為上下兩層,保留了原有的住家格局。一層接待散

鯨媒體訊(文/小白)2 月 6 日消息,加拿大高等教育服務供應商 Top Hat 宣布獲得 5500 萬美元 D 輪融資,本輪融資由 Georgian Partners 和 Inovia Capital 領投,此外,Top Hat 的老股東 Union Square Ventures、Emergence Capital 和 Leaders Fund 也參與本輪投資。Top Hat 還從 BMO Technology 和 Innovation Banking Group 那里獲得了債務融資。

shell中可能經常能看到:>/dev/null2>&1 命令的結果可以通過%>的形式來定義輸出 分解這個組合:“>/dev/null2>&1”為五部分。 1:>代表重定向到哪里,例如:echo"123" > /home/123.txt 2:/dev/null代表空設備文件 3:2>表示stderr標準錯誤 4:&表

據悉,本輪融資將用于加大對電子教材和課程資料的投入,招聘銷售人員,促成與小型出版公司的合作。

bowtie 有windows版,tophat 和cufflink都只見過linux版。 如果你想嘗試的話還是建議裝一個linux。 另外這些軟件都很消耗運算,不知你的計算平臺如何。

公開資料顯示,Top Hat 的業務主要為高等教育機構的老師提供各種軟件工具,目前其客戶覆蓋了北美前 1000 位的大學中 750 家,有大約 270 萬的學生使用了使用 Top Hat 各種的工具課程。

免費試讀 - 由百度閱讀提供TA說

擴展閱讀,根據您訪問的內容系統為您準備了以下內容,希望對您有幫助。

tophat和hisat哪個更好

后者好

如何在linux下安裝TopHat軟件

安裝

最簡單的安裝方法,注意版本

下載Bowtie、TopHat、Cufflinks的二進制發布包,解壓到相同的目錄

下載samtools,make,將生成的可執行samtools程序也cp到同一個目錄

增加該目錄到PATH

參數與使用

Usage: tophat [options]* <index_base>

<reads1_1[,...,readsN_1]> [reads1_2,...readsN_2]

-o 輸出目錄,默認值為 “./tophat_out”。

–solexa-quals/solexa1.3-quals 質量編碼,關于質量編碼格式請參考《FastQ格式介紹》

-p 線程數,默認值為單線程1.,可以使用多線程

-G/–GTFSupply TopHat with a set of gene model annotations and/or known

transcripts, as a GTF 2.2 or GFF3 formatted file.指定已有轉錄本信息

–no-novel-juncs 不查找新的可變剪切

-r

比對時兩成對引物間的距離中值。比如說,如果你的插入片段有300bp,而每個引物有50bp,那么r值就應該是200=(300+50*2)/2。沒有默認值,如果是末端配對比對時這個值是必須的。

–mate-std-dev 末端配對時中間插入片段的長度的標準差,默認值為20bp

paired-end數據應該如何做

paired end reads是好還是壞,好又好在哪里?如何從結果中體現,如何同一批paired-end reads 使用paired-end

參數與不適用差別在哪里?

READS文件

paired end的reads必須放在不同的兩個文件中,文件名必須按照*_1, *_2的規范成對出現,Mixing paired- and

single- end reads together is not supported.不要將paired-end的數據與single end

reads放到一起進行處理。

設置-R參數

大多數情況,使用默認值就可以了,TopHat允許一定量的偏差,TopHat在多個地方使用到這個值,比如當尋找剪切位點與fusion break

point。同時在生成報告的最后階段選擇最佳的alignment時,用到這個信息??梢韻扔蒙倭康氖萁斜榷?,在比對結果的SAM結果中,對于paired

reads,第九列是插入片段的大概長度,可以用這個數值減去兩倍的read的長度,就可以得到實際的-r參數需要設置的大小,如果值太大應該小心,只有比對上同一個外顯子的情況具有意義。

控制結果的參數

–no-discordant For paired reads, report only concordant

mappings.對于成對的讀取,只報告一致的映射。

–no-mixed For paired reads, only report read alignments if both reads in a

pair can be mapped (by default, if TopHat cannot find a concordant 和諧 or

discordant 不和諧 alignment for both reads in a pair, it will find and report

alignments for each read separately分別; this option disables that

behavior).

結果讀取

paired-end reads,兩個reads可以相互驗證,這樣可以有效的出去許多假陽性的拼接,增加結果的準確性。

tophat的align summary文件怎么解讀

TopHat是基于Bowtie的將RNA-Seq數據mapping到參考基因組上,從而鑒定可變剪切(exon-exon splice junctions)。

下載Bowtie、TopHat、Cufflinks的二進制發布包,解壓到相同的目錄

下載samtools,make,將生成的可執行samtools程序也cp到同一個目錄

增加該目錄到PATH

049期双色球开奖直播 www.lvelns.com.cn true //www.lvelns.com.cn/seduzx/361784/371096457.html report 4317 為您提供全方面的Top Hat獲投5500萬美元D輪融資 由Georgian Partners和Inovia Capital領投相關信息,根據用戶需求提供Top Hat獲投5500萬美元D輪融資 由Georgian Partners和Inovia Capital領投最新最全信息,解決用戶的Top Hat獲投5500萬美元D輪融資 由Georgian Partners和Inovia Capital領投需求,原標題:TopHat獲投5500萬美元D輪融資由GeorgianPartners和InoviaCapital領投鯨媒體訊(文/小白)2月6日消息,加拿大高等教育服務供應商TopHat宣布獲得5500萬美元D輪融資,本輪融資由GeorgianPartners和InoviaCapital領投,此外,TopHat的老股東UnionSquareVentures、EmergenceCapital和Leade
  • 猜你喜歡